I prenestini accolsero con gioia ed entusiasmo la predicazione dei religiosi Carmelitani, tanto che vollero istituire una Confraternita affinché la Madonna fosse onorata non solo con il cuore ma anche con culto esterno. La prima notizia ufficiale della Confraternita ci è nota da un registro del 4 giugno 1550. Gli statuti che reggevano e governavano la Confraternita furono scritti nel 1577. Dal 1597 la Confraternita accompagnava processionalmente i Religiosi Carmelitani dal convento di S. Antonio fino alla chiesa delle Grazie di Palestrina, che Padre Sebastiano Fantoni, Generale dell'Ordine Carmelitano, aveva ampliato a sue spese aggiungendo due cappelle.
Nell'anno 1601 fu assegnata alla Confraternita una stanza presso la porta maggiore del convento, perché servisse come oratorio, e deposito degli stendardi. La Confraternita il 12 novembre 1606 ebbe finalmente il Decreto di Approvazione. Il Padre Procuratore dell'Ordine Carmelitano Basilio Agussola portò da Roma nel giorno sopradetto il Decreto con l’approvazione e la firma di Ascanio Colonna, Cardinale e Vescovo di Palestrina. Nel 1624 terminata la riedificazione della Chiesa di S. Antonio Abate per opera di Padre Sebastiano Fantoni, si costruì, di fronte ad essa, il nuovo Oratorio usufruendo di un lascito di Tarquinio Bernardelli.
Nell'anno 1675 desiderando la Confraternita partecipare al grande Giubileo rinnovò tutte le insegne: mazze, croci, stendardi, crocifissi, sacchi, mantelle. Le Celebrazioni giubilari furono solennissime e grandiose, da destare grande meraviglia per il numero considerevole di partecipanti; parteciparono circa duecento tra confratelli e consorelle. Si partì da Palestrina il 2 giugno, festa di Pentecoste, ma, a causa della grande pioggia, il giorno seguente non fu possibile entrare in Roma. Il 4 giugno, tutti vestendo il sacco, illuminando il cammino con trenta torce donate dal Principe Barberini entrarono nella Città di Roma seguendo la grande Croce. Lo stesso Principe di Palestrina con molti cavalieri, si unì alla Confraternita vestendo il sacco. Il P. Generale dell'Ordine, Scannapieco, trovandosi in quei giorni in San Martino ai Monti, sede del Capitolo della Provincia Romana, fece accompagnare il pellegrinaggio da cinquanta coppie di religiosi Carmelitani, alternandoli con i confratelli; mentre le consorelle precedevano il corteo.
Nella congregazione del 2 luglio 1741 si dette principio a nuovi Statuti, approvati il 3 luglio 1787 dal Vicario Generale di Palestrina Mons. Giuseppe Graziosi, mandato da Girolamo Spinola. Nel secolo XIX tutto si rese più difficile, le soppressioni Napoleoniche, le leggi eversive del nuovo Regno d'Italia abrogarono, dimisero, proibirono e sciolsero le associazioni religiose. Nonostante queste difficoltà la Confraternita si uni con più tenacia ai religiosi Carmelitani, dando così una forza e una speranza di rinascita. Passata la bufera della grande guerra, nel 1919 circa, la Confraternita acquista la bella e dolce Statua della Madonna che ancora oggi si venera. Tornarono i giorni tristi, il 22 gennaio del 1944, Palestrina subì due bombardamenti aerei, uno alle otto di mattina ed uno alle sedici, l'oratorio e il borgo vennero colpiti e ridotti ad un cumulo di macerie. Rimuovendo i calcinacci con cautela, addossato alla roccia della montagna, si rinvenne l'armadio con dentro la statua della Madonna era intatta, si gridò al miracolo. La domenica 16 Luglio del 1944 si snodò la processione per tutte le strade di Palestrina, camminando e saltando le macerie, fu la processione più lunga e più sentita.
Nel secondo dopoguerra la vita della Confraternita riprese intensa. Lentamente però i vecchi confratelli morivano, rimasti in pochi, si unirono nei primi anni del 1980 ai portatori, il 10 febbraio 1982 P. Falco Thuis, Priore Generale aggregò di nuovo la Confraternita all'Ordine. Il 5 aprile 1987 il Vescovo di Palestrina Pietro Garlato riapprovò gli Statuti.
Il 17 Dicembre 1994 è stata inaugurata la nuova sede della Confraternita, intitolata a Padre Catapano, ricavata da una cantina del convento. Nel 2003 si iscrive alla Confederazione delle Confraternite delle Diocesi di Italia. La Confraternita chiede al Delegato diocesano, nel 2004, di poter fare un raduno di tutte le Confraternite presenti nella Diocesi prenestina e, in conseguenza a tale domanda, viene realizzato un primo incontro dei priori, seguito dal raduno di tutte le Confraternite nell'aprile 2005 a Palestrina.
Ogni prima domenica del mese, vestendo il sacco, i confratelli recitano le lodi della Beata Vergine Maria prendono parte alla celebrazione liturgica.
La "Macchina" della Madonna del Carmine di Palestrina
La "macchina" è il simulacro in legno utilizzato per il trasporto della statua della Vergine dello Scapolare il giorno della processione. Nell' Anno Domini 1667 veniva costruita la possente macchina, la parte inferiore poggiava su di una radice di albero di castagno, la parte superiore era composta di tavole e montanti. Nel 1687, la struttura venne abbellita con i serpentoni laterali, una meravigliosa raggiera racchiudeva la parte posteriore, in alto venne posta una corona, e quattro angeli, due che poggiavano sul basamento, e due collocati sui serpenti. Complessivamente il peso era di 16 quintali, e 16 erano i facchini che portavano la macchina lungo le strade di Palestrina nel giorno della processione. La meravigliosa macchina per quasi due secoli e mezzo è stata custodita in una stanza dell'oratorio della Confraternita. A seguito del bombardamento aereo che subì Palestrina il 22 gennaio 1944, che causò anche il crollo dell'oratorio, la macchina fu danneggiata gravemente. Si fece immediatamente il primo intervento conservativo togliendo il basamento lesionato, così il simulacro venne alleggerito di 3 quintali.
Nel febbraio del 1993, a spese della confraternita, e con il contributo della Cassa Rurale ed Artigiana di Palestrina, venne totalmente restaurata ed impreziosita con oro zecchino, senza, però, procedere alla ricostruzione del basamento distrutto, e dal 17 luglio 1993, in occasione della solenne processione in onore della Madonna del Carmine, si può ammirare in tutta la sua ritrovata bellezza. La macchina, attualmente, è custodita nella chiesa di S. Antonio A., la manutenzione è affidata ad un confratello, il capo macchina.